乾隆内府的书画收藏因为鉴定失准，错判真假，受到当代学者诟病。其中最为有名的就是乾隆误以为黄公望《富春山居图》子明卷为真迹而无用师卷为赝品的案例。2015年9月8日至11月8日，在故宫博物院举办的“石渠宝笈特展·典藏篇”第三单元“伪讹考辨”部分，也展出了不少《石渠宝笈》著录的伪讹之作。此单元展出的作品，大多皆是因为乾隆内府误判而进入著录。
元黄公望《富春山居图·无用师卷》局部
实际上，乾隆内府不仅因误判被动收藏、著录了不少伪作，也因为乾隆的收藏标准宽泛而收藏、著录了很多伪仿的作品。
《石渠宝笈》初编在凡例中称：“是编所收皆古今名迹，虽或临本逼真亦概置之次等，题疑俱仍其旧，而真赝自别（如次等书有二王、褚柳，次等画有荆、关、董、巨）。”可以看出，乾隆内府是把临仿逼真的名迹伪本定为“次等”，并收录进入《石渠宝笈》初编。
“石渠宝笈特展·典藏篇”之“伪讹考辨”单元展出的唐李隆基（传）《楷书毛应知恤诏卷》与明代仇英（款）《兰亭修禊图卷》，皆是《石渠宝笈》初编著录而定为次等的作品。李隆基是历史上著名的唐代皇帝，仇英是明代吴门画家中的代表性人物，乾隆内府定这两件作品为次等，应该是已经意识到了这两件作品并非李隆基和仇英的真迹。
明代书画鉴赏家张丑指出：“鉴赏二义，本自不同。赏以定其高下，鉴以定其真伪，有分属也。当局者苟能于真笔中力排草率，独取神奇，此为真赏者也。又须于风尘内屏斥临模游杨名迹，此为真鉴者也。”乾隆的词臣张若霭“自负鉴别所得独真”。乾隆时期的陆时化对真伪也分外关注，专门写文披露造假的手段。历代收藏者一般都重视真而佳的作品，例如安岐在《墨缘汇观》中特别注出真而佳的作品。收藏家对真而不佳的作品也比较重视，而对伪作一般都排斥在著录之外。但偶尔也有例外，例如钱泳认为真妙为一等，妙而不真为二等，真而不妙为三等。但这样的例子较少（清钱泳《履园丛话》）。
唐李隆基（传）《楷书毛应佺知恤诏卷》局部
像唐李隆基（传）《楷书毛应佺知恤诏卷》与明代仇英（款）《兰亭修禊图卷》这些被定为次等的明代及其以前的书画，一般皆是被乾隆内府认定的古代伪作。那么乾隆内府为什么要收藏伪作呢？
乾隆在《无用师卷》上题：“其为赝鼎无疑，惟画格秀润可喜，亦如双钩下真迹一等，不妨并存”，并没有筛选掉这件伪仿之作。词臣则题“具仰睿赏之有真，而即此规仿精良者，亦登次等，道无弃材，义有差等”，称赞皇帝善于区分等级，保存了品质精良的临仿之作。乾隆题宋夏圭画《月令图册》：“余则因密之隶转，不能不疑圭画之亦赝矣。惟谛观其结构神韵亦非后世庸史所及，或明初高手追摹圭法为之，亦可存而不摈，若竟以为夏圭真迹则不可。”乾隆内府收藏了几卷明人临摹的马和之《诗经图》，也常常称这些作品“当是好手临摹”“高手所摹”。显然，因为乾隆内府珍惜高手的成果，认为明代临摹作品有比较高的艺术水准，所以对以上这些摹本“存而不摈”。
乾隆内府重视假托大名头的元代之前的古书画。在款署为卢鸿的《草堂十志图》卷上，乾隆题：“此乃纸墨完好如常，谓为必出浩然之手，其然岂其然乎。因谛视其画法与李公麟山庄图绝相似，是卷纵或仿作，亦非公麟不能。夫龙眠真迹已不多见，即非真卢而得真李，亦不啻买王得羊矣。又何必复计其名之逸与否耶。”乾隆还题款署张僧繇的《二十八星宿图》云：“画家以僧繇比之书家逸少，唐得《稧帖》命褚遂良（木無）写，后世同为宝重，必斤斤然与真迹较量高下，几何不为东坡所谓论画以形似者耶！”可见，对唐宋时代的书画，乾隆并不计较其名头大小和对错，一概视为宝物。他在题宋人画《赵遹泸南平夷图》中云：“是卷旧署为宋徽宗书李嵩画合卷，今证其伪，改署宋人画《赵遹泸南平夷图》并题以句……但自元至今已阅五百余年，即赝鼎亦属古物。”明确表示对500年以上“赝鼎”绘画的珍重。
《石渠宝笈》著录了大量佚名宋人和元人的书画，还有一部分明人佚名书画，显示了宫廷对“古”画、一般文物的关注。
明仇英（款）《兰亭修禊图卷》局部
此外，乾隆经常感慨“鉴定之难”。在《无用师卷》中感叹：“向之疑为两图者，实误甚矣。鉴别之难也。”乾隆深知书画鉴定之难，重视伪作，“存而不摈”，也是为了防止真作被误判后流失或受损，从而更好地保存古物。《秘殿珠林》初编的凡例说明了内府书画著录、品定的标准。从中也可以看出内府对拿不准真伪的作品的慎重态度。
在《大观册》册后右副页，董其昌跋云：“学书与学画不同，学书有古帖易于临仿，即不必宋唐石刻随世所传，形模差似。赵集贤云：昔人得古帖数行，专心学之，遂以名世，或有妙指灵心不在此论矣！画则不然，须要酝酿古法，落笔之顷，各有师承，略涉杜撰即成下劣，不入具品，况于能妙。乃断素残帧，珍等连城，殊不易致。元时顾阿瑛、曹云西、倪元镇，皆江以南收藏之家物聚所好，故黄子久、王叔明、陈仲美、马文璧辈盘礴风流，为一时之盛。近代沈石田去胜国百年，名迹犹富，观其所作卷轴，一树一石，尺寸前规。吴中自陆叔平后画道衰落，亦为好事家多收赝本，谬种流传，妄谓自开堂户。不知赵文敏所云：时流易趣，古意难复，速朽之技，何足盘旋。”（《石渠宝笈·初编》附·贮画禅室）董其昌认为是否收藏、观看绘画原作，直接影响了绘画的风气。这是一个典型的画家兼收藏家的立场。
高士奇在题项圣谟《仿五牛图》主要谈到的是原本。1718年，蒋廷锡临摹了项的摹本，除了赞赏项的临仿之作，也很遗憾云“更不知晋公真本当复何如耳”（《钦定秘殿珠林石渠宝笈续编·石渠宝笈》），“盖其时未见韩真迹，故跋语中深致企慕之意”（乾隆跋语，《钦定秘殿珠林石渠宝笈续编·石渠宝笈》）。蒋廷锡也以未见原作为憾。绘画作品的原创性是欣赏者十分关注的。所以，一般的收藏、鉴赏家都比较重视原作，而不是仿作和摹本。
韩滉《五牛图卷》全卷局部
而乾隆内府把两卷《五牛图》的摹本和韩滉的原作并论，并一同放入春耦斋。内府对《五星二十八宿真形图》册的仿本也十分重视，这是为何呢？
乾隆内府在编著的《天禄琳琅》中，对品质精良的仿本、重复的刻本都一并收录。《天禄琳琅》的凡例规定：“宋元明版书，各从其代，每代各以经史子集为次。至明影宋钞，虽非剞劂之旧，然工整精确，亦犹昔人论法书，以唐临晋帖为贵，均从选入；同一书而两椠均工，同一刻而两印各妙者，俱从并收，以重在鉴藏，不嫌博采也。”乾隆在宫廷制作的《诗经图》上谈道：“昔人藏书，犹备数本，况兹图本不徒以文翰重乎。”对这些被乾隆认为具有图典功用的作品，比如《五牛图》，内府在收藏时借鉴了藏书的惯例，重视仿本的价值。
乾隆对书法的临、摹本也十分爱惜。乾隆称：“陆继善《兰亭》，政不妨与褚临真迹并入上品。”他对于工人所作摹本《双钩兰亭序》也给予了很高的评价：“钩摹，古法也。昔人谓唐（木無）《稧帖》，下真迹一等。此册为元人陆继善钩本，喜其笔法生动，因命内府工人仿之。神采宛然，不爽毫发。昔褚河南、米南宫书法大家，故神妙独到，今以工人而臻此，可谓精其能者矣。”（《钦定秘殿珠林石渠宝笈三编·石渠宝笈》）
乾隆内府对图书的装潢采用了统一的样式，以区分等级。《天禄琳琅》在凡例中称：“其宋金版及影宋钞皆函以锦，元版以蓝色绨，明版以褐色绨，用示差等。”与一般绘画不同，乾隆内府对《诗经图》也采用了统一的装裱格式。在乾隆三十五年（1770年），命名学诗堂时，12幅中有10幅为手卷，乾隆把另外两幅册页皆改装为手卷“以从其类”。
乾隆时期，唐卡和玉器研究者也已经注意到，乾隆对作品功能的注意，有时候超过了对艺术价值的关注。罗文华在《龙袍与袈裟》一文中谈到乾隆对佛教造像的审美与思想，强调其注重实用性的一面，不太重视审美性。郭福祥也注意到乾隆收藏玉器时，不完全根据玉器的质量，也考虑玉器包含的纳谏的功用（郭福祥《宫廷与苏州：乾隆宫廷的苏州玉工》文）。乾隆内府的绘画收藏虽然重视审美趣味、艺术成就，也从作品的内容和主题出发，考虑社会思想、历史文化、宗教信仰等方面的功用。因此，乾隆对人物故事、图像类绘画和经典法书，像对待图书一样进行系统的整理，并且重视仿本的价值。
也正是因为乾隆内府比较宽泛的收藏标准，对伪、仿之作存而不弃，当时误认为“下真迹一等”的《富春山居图·无用师卷》仍旧留在内府，并得到了妥善保管。乾隆时期，清宫法书名画的收藏达到鼎盛，除了基于得天独厚的优势和乾隆的个人爱好，也与乾隆内府的收藏理念息息相关。